В пользу SIS Signer можно сказать, что это простая, но очень хорошая программа.

Просто заполняем все поля в SIS Signer, а именно, указываем подписываемый файл, для смартфона, пути, где лежат сертификат и файл ключей (*.key), файл ключей лежит в архиве с программой. Жмем кнопку подписать, должна появиться командная строка, ждем, пока не появится надпись "Для продолжения нажмите любую клавишу...", жмем любую кнопку. Всё, приложение подписано.